牛ACOT11基因克隆及其编码蛋白生物信息学分析

天津农学院学报 ›› 2015, Vol. 22 ›› Issue (3): 1-6.

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牛ACOT11基因克隆及其编码蛋白生物信息学分析

胡晓维, 靳聪飞, 刘新峰, 郭宏^*

天津农学院动物科学与动物医学学院,天津 300384

收稿日期:2015-05-06 发布日期:2015-09-30
通讯作者: 国家转基因重大专项项目“高产转基因肉牛新品种培育”（2014ZX08007-002）
作者简介:胡晓维（1993-）,女（满族）,辽宁铁岭人,本科在读,研究方向为牛分子育种及肌肉发生机理。E-mail：m13752149866_2 @163.com。
基金资助:
郭宏（1964-）,男,内蒙古通辽人,教授,博士,主要从事牛分子育种及肌肉发生机理方向研究。E-mail：guohong64 @163.com。

Cloning and Encoding Protein Bioinformatics Analysis of Bovine ACOT11 Gene

HU Xiao-wei, JIN Cong-fei, LIU Xin-feng, GUO Hong^*

College of Animal Science and Veterinary Medicine, Tianjin Agricultural University, Tianjin 300384, China

Received:2015-05-06 Published:2015-09-30

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在克隆牛ACOT11基因,并对其基因结构和蛋白质结构进行生物学特性分析。以GenBank数据库中公布的人ACOT11基因序列作为探针,检索得到牛的EST序列,进一步设计引物,再利用RT?PCR方法得到cDNA片段序列填补牛EST序列间的空缺,获得牛ACOT11基因。序列分析表明,牛ACOT11基因跨越大约4.9 kb的DNA区域,牛与人ACOT11基因所转录的mRNA同源性为87%。克隆的牛ACOT11基因含有16个外显子和15个内含子,编码区长1 620 bp,编码539个氨基酸。蛋白质结构分析表明,该基因蛋白二级结构预测以α螺旋为主;其35个磷酸化位点分布于丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基上;保守结构域预测显示,该基因包含一个START功能结构域;亚细胞定位推测表明,牛ACOT11蛋白分泌通路信号肽所占的比例很小,大部分分布于细胞核内,不属于分泌蛋白。

关键词: 牛, ACOT11基因, 克隆, 生物信息学分析, 蛋白质结构

Abstract: In this study, bovine ACOT11 was cloned, and encoding protein was analyzed by bioinformatics methods. The human ACOT11 gene sequence in GenBank was chosen as probe to BLAST and the expressed sequence tags (ESTs) of bovine ACOT11 gene were gotten. The bovine ACOT11 gene was amplified by sequencing assembling of ESTs and cDNA sequence, which was amplified by reverse transcription polymerase chain reaction (RT?PCR). Sequence analyses show that the DNA region of cattle ACOT11 gene spans approximately 4.9 kb and the homology of mRNA between cattle and human ACOT11 is 87%. The bovine ACOT11 gene contains 16 exons and 15 introns, whose coding region is 1 620 bp and 539 amino acids were encoded. The secondary structure prediction of ACOT11 protein is mainly based on alpha helix, and ACOT11 protein contains 35 phosphorylation sites and one START domain, the phosphorylation sites locate in serine (Ser), threonine (Thr) and tyrosine (Tys) residue, the subcellular localization of ACOT11 is predicted in the nucleus, which didn’t belong to the secreted protein.

Key words: bovine, ACOT11 gene, cloning, bioinformatics analysis, protein structure

中图分类号:

S823

胡晓维, 靳聪飞, 刘新峰, 郭宏. 牛ACOT11基因克隆及其编码蛋白生物信息学分析[J]. 天津农学院学报, 2015, 22(3): 1-6.

HU Xiao-wei, JIN Cong-fei, LIU Xin-feng, GUO Hong. Cloning and Encoding Protein Bioinformatics Analysis of Bovine ACOT11 Gene[J]. Journal of Tianjin Agricultural University, 2015, 22(3): 1-6.

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