粪肠球菌遗传演化关系分析

doi:10.19640/j.cnki.jtau.2021.02.010

天津农学院学报 ›› 2021, Vol. 28 ›› Issue (2): 47-50.doi: 10.19640/j.cnki.jtau.2021.02.010

粪肠球菌遗传演化关系分析

周忆莲, 崔垚鑫, 刘俊华, 刘燕霏^*, 杨建德^*

天津农学院动物科学与动物医学学院天津市农业动物繁殖与健康养殖重点实验室,天津 300392

收稿日期:2019-12-10 出版日期:2021-06-30 发布日期:2021-07-26
通讯作者: 杨建德（1969—）,男,教授,博士,研究方向为预防兽医学。E-mail：jiandeyang@126.com。刘燕霏（1970—）,女,副教授,硕士,研究方向为预防兽医学。E-mail：674383573@qq.com。
作者简介:周忆莲（1998—）,女,本科在读,研究方向为生物信息学。E-mail：1244644536@qq.com。
基金资助:
国家级大学生创新创业项目（201810061047）; 天津自然科学项目（07JCYBJC16000）

Analysis of genetic evolution of Enterococcus faecalis

Zhou Yilian, Cui Yaoxin, Liu Junhua, Liu Yanfei^*, Yang Jiande^*

Tianjin Key Laboratory of Agricultural Animal Breeding and Healthy Husbandry, College of Animal Science and Veterinary Medicine, Tianjin Agricultural University, Tianjin 300392, China

Received:2019-12-10 Online:2021-06-30 Published:2021-07-26

摘要/Abstract

摘要： 为探究不同国家、地区、宿主的粪肠球菌的遗传演化规律,明确不同地区粪肠球菌的同源程度和亲缘关系,试验采用生物信息学方法,对NCBI核苷酸数据库里粪肠球菌的16S rRNA基因进行筛选整理、剪裁对齐后与本试验分离菌株构建粪肠球菌的基因进化树,进行比较分析。结果表明：粪肠球菌在进化过程中跨地域稳定遗传,起源地可能是德国,与其他国家都有很高的亲缘性;而且数据显示进化缓慢,发生变异的几率很低,为大范围预测粪肠球菌感染发生及分子流行病学调查提供依据。

关键词: 粪肠球菌, 同源性比较, 基因进化树, 遗传演化, 亲缘关系

Abstract: In order to investigate the genetic evolution of E. faecalis in different regions and different hosts, to clarify the genetic relationship of E. faecalis in different areas, and to clarify the epidemic trend of E. feacalis, the 16S rRNA gene of E. faecalis in NCBI nucleotide datebase was screened and sorted by bioinformatics method. The phylogenetic tree of E. faecalis was constructed by clipping and alignment. The results showed that E. faecalis was inherited steadily across regions in the process of evolution, and the origin might be Germany, which had strong affinity with other countries. Moreover, the data showed that the evolution was slow and the probability of variation was very low. Therefore, these data provides a basis for predicting the occurrence and molecular epidemiology of E. feacalis infection on a large scale.

Key words: E. faecalis, homology comparison, gen evolution tree, heredity and evolution, genetic relationship

中图分类号:

S852.61

周忆莲, 崔垚鑫, 刘俊华, 刘燕霏, 杨建德. 粪肠球菌遗传演化关系分析[J]. 天津农学院学报, 2021, 28(2): 47-50.

Zhou Yilian, Cui Yaoxin, Liu Junhua, Liu Yanfei, Yang Jiande. Analysis of genetic evolution of Enterococcus faecalis[J]. Journal of Tianjin Agricultural University, 2021, 28(2): 47-50.

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Analysis of genetic evolution of Enterococcus faecalis

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