常见基因序列在鱼类系统发育研究中的应用

doi:10.19640/j.cnki.jtau.2021.02.018

天津农学院学报 ›› 2021, Vol. 28 ›› Issue (2): 89-93.doi: 10.19640/j.cnki.jtau.2021.02.018

常见基因序列在鱼类系统发育研究中的应用

黄鑫, 余海军, 王茜^*

天津农学院水产学院,天津 300392

收稿日期:2019-10-10 发布日期:2021-07-26
通讯作者: 王茜（1971—）,女,副教授,博士,主要从事水生动物及昆虫分子系统学的研究。E-mail：wqgt1999@163.com。
作者简介:黄鑫（1997—）,女,本科在读,主要从事分子系统学研究。E-mail：1113502819@qq.com。
基金资助:
国家自然科学基金（31672264）

Common gene sequences in the phylogenetic studies of fish

Huang Xin, Yu Haijun, Wang Qian^*

College of Fisheries, Tianjin Agricultural University, Tianjin 300392, China

Received:2019-10-10 Published:2021-07-26

摘要/Abstract

摘要： 本文通过总结细胞色素C氧化酶亚基I（COI）、细胞色素C氧化酶亚基II（COII）、16S rDNA、12S rDNA、线粒体细胞色素b基因（Cytb）、线粒体基因组、内部转录间隔区（ITS）以及18S rDNA在鱼类系统发育中的相关文献,探究常用基因序列在鱼类系统发育研究中的应用情况。

关键词: 鱼类, 系统发育, 基因序列, 分子标记

Abstract: This paper summarized some relevant literatures on cytochrome C oxidase subunit I (COI), cytochrome C oxidase subunit II (COII), 16S rDNA, 12S rDNA, mitochondrial cytochrome b gene (Cytb), mitochondrial genome, internal transcriptional spacer (ITS) and 18S rDNA in fish phylogeny to explore the application of common gene sequences in fish phylogeny research.

Key words: fish, phylogeny, gene sequences, molecular marker

中图分类号:

黄鑫, 余海军, 王茜. 常见基因序列在鱼类系统发育研究中的应用[J]. 天津农学院学报, 2021, 28(2): 89-93.

Huang Xin, Yu Haijun, Wang Qian. Common gene sequences in the phylogenetic studies of fish[J]. Journal of Tianjin Agricultural University, 2021, 28(2): 89-93.

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参考文献

[1] 曾首英,静莹,张晓琴,等. 世界鱼类数据库(FishBase)的建设与应用研究[J]. 中国农学通报,2010,26(16):382-387.
[2] 徐宏发,王静波. 分子系统学研究进展[J]. 生态学杂志,2001(3):41-46.
[3] 郭新红,刘少军,刘巧,等. 鱼类线粒体DNA研究新进展[J]. 遗传学报,2004(9):983-1000.
[4] 周传江,马爱喆,汪曦,等. 鱼类线粒体基因组研究进展[J]. 河南师范大学学报(自然科学版),2019,47(2):74-82.
[5] 公月月. COI基因在鱼类物种鉴定与分类中的应用[D]. 台州:浙江海洋大学,2017.
[6] 宋超,于亚男,张涛,等. 基于线粒体COI基因部分序列的长江口舌鳎科鱼类系统分类研究[J]. 动物学杂志,2014,49(5):716-726.
[7] HEBERT P D,CYWINSKA A,BALL S L,et al.Biological identifications through DNA barcodes[J]. Proceedings of the Royal Society B:Biological Sciences,2003,270(1512):313-321.
[8] 肖家光,张少秋,高天翔,等. 浙江近海鱚属鱼类形态描述及中国鱚属鱼类分子系统发育分析[J]. 水生生物学报,2018,42(1):99-105.
[9] 苏国茂,林聪左,林贞武,等. 基于COI及RAG2基因序列的我国科鱼类分子系统研究[J]. 水产科学,2017,36(5):652-657.
[10] VARI R P.The Terapon perches(Percoiddei,Teraponidae),a cladistics analysis and taxonomic revision[J]. Buiietin of the American Museum of Natural History,1978,159(5):175-340.
[11] 张顺,廖健,郭昱嵩,等. 基于线粒体cox1基因序列的弹涂鱼类系统进化关系[J]. 广东海洋大学学报, 2017,37(1):21-27.
[12] YOU X X,BIAN C,ZAN Q J,et al.Mudskipper genomes provide insights into the terrestrial adaptation of amphibious fishes[J]. Nature Communications,2014,5:5594.
[13] HEBERT P,RATNASINGHAM S,WAARD J R.Barcoding animal life:cytochrome c oxidase subunitⅠdivergences among closely related species[J]. Proc Biol,2003,270(S1):96.
[14] 张稚兰,林汝榕,邢炳鹏. COI基因序列在蛇鳗科鱼类种类鉴定中的适用性研究[J]. 应用海洋学报,2017,36(3):411-416.
[15] 柳淑芳,陈亮亮,戴芳群,等. 基于线粒体COI基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用[J]. 海洋与湖沼,2010,41(2):223-232.
[16] 梁宏伟,孟彦,罗相忠,等. COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用[J]. 中国水产科学,2018,25(4):772-782.
[17] 陈莹莹,苗亮,李明云,等. 基于18S rRNA、COII基因的鮸鱼(Miichthy smiiuy)系统发育分析[J]. 生物学杂志,2015,32(2):8-11.
[18] 龚小玲,岳丽佳,崔忠凯,等. 鳗鲡属6种鱼类线粒体COI和COII基因序列分析和分类的有效性[J]. 上海海洋大学学报,2013,22(4):524-530.
[19] ANDREW P M,ELDREDGE B.Systematics and evolution of lower central American cichlids inferred from analysis of cytochromeb gene sequences[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution,1998,9(2):192-203.
[20] 秦钦,蔡永祥,许志强,等. 长江下游4属6种鲿科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析[J]. 江苏农业学报,2010,26(2):373-376.
[21] 丁少雄,王颖汇,王军,等. 基于16S rDNA部分序列探讨中国近海30种石斑鱼类的分子系统进化关系[J]. 动物学报,2006(3):504-513.
[22] 辛俭,张玉荣,徐冬冬,等. 基于线粒体16S rDNA和COI基因探讨中国近海黄姑鱼类的分子系统进化关系[J]. 海洋与湖沼,2014,45(2):307-313.
[23] 李云臻,李俊,徐伟江,等. 基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究[J]. 云南师范大学学报(自然科学版),2017,37(5):40-45.
[24] SANDRA H,MARIANO G C,MARÍA I R. Mugilcurema in Argentinean waters:Combined morphological and molecular approach[J]. Aquaculture,2006,261(2):473-478.
[25] 唐琼英,杨秀平,刘焕章. 刺鲃基于线粒体细胞色素b基因的生物地理学过程[J]. 水生生物学报,2003(4):352-356.
[26] 牟希东,王培欣,胡隐昌,等. 基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究[J]. 华南农业大学学报,2010,31(2):100-103.
[27] 陈善元,张仁东,李维贤,等. 六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析[J]. 云南大学学报(自然科学版),2003(5):453-457.
[28] 庄轩,丁少雄,郭丰,等. 基于细胞色素b基因片段序列研究中国近海石斑鱼类系统进化关系[J]. 中国科学C辑:生命科学,2006(1):27-34.
[29] 赖瑞芳,张秀杰,李艳,等. 鲂属鱼类线粒体基因组的比较及其系统发育分析[J]. 水产学报,2014,38(1):1-14.
[30] 黄小林,杨育凯,林黑着,等. 篮子鱼属线粒体基因组序列系统发育信息分析[J]. 生物学杂志,2018,35(5):33-36.
[31] HECKMAN K L,NEAR T J,ALONZO S H.Phylogenetic relationships among Boleosoma darter species(Percidae: Etheostoma)[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution,2009,53(1):249-257.
[32] FERREIRA I A,OLIVEIRA C,VENCRE P C,et al.5S rDNA variation and its phylogenetic inference in the genus Leporinus(Characiformes: Anostomidae)[J]. Genetica,2007,129(2):253-257.
[33] 王凤梅. 26S rDNA D1/D2区与5.8S-ITS rDNA序列分析法在酵母菌鉴定中的应用[J]. 现代农业,2016(12):96.
[34] 朱敏,刘智皓,旷毓婵,等. 核基因在鱼类分子系统学研究中的应用[J]. 重庆师范大学学报(自然科学版),2013,30(2):10-16.
[35] SCHAEFFNER B C,JIEKU M,MAHMOUD Z N,et al.Revision of Wenyonnia Woodland,1923(Cestoda:Caryophyllidea)from catfishes(Silurriformes)in Africa[J]. Systrasitol,2011,79(2):83-107.
[36] REED K M,MENDOZA K M,BEATTIE C W.Comparative analysis of microsatellite loci in chicken and turkey[J]. Genome,2000,43(5):796-802.
[37] 朱树人,孟庆磊,朱永安,等. 3种鳢属鱼类ITS序列及系统进化分析[J]. 安徽农业科学,2015,43(31):47-49,55.
[38] 武宝生,司李真,孔晓瑜,等. 5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性[J]. 水产学报,2018,42(4):465-475.
[39] 徐晖,李军,孔晓瑜,等. 6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析[J]. 海洋与湖沼,2008(1):35-41.
[40] 武宝生,司李真,孔晓瑜,等. 11种鲈形目鱼类ITS2特征及系统应用[J]. 中国水产科学,2018,25(6):1151-1160.
[41] 杨光,俞菊华,徐跑,等. 利用18S和ITS序列揭示8种鲇形目鱼类的系统发育[J]. 动物学杂志,2010,45(4):110-117.
[42] SILVA F L,WIEDENBRUG S.Integrating DNA barcodes and morphology for species delimitation in the Corynoneura group(Diptera:Chironomidae:Orthocladiinae)[J]. Bulletin of Entomological Research,2014,104(1):65-78.
[43] 张贺,韦运谢,刘晓妹,等. 基于Histone H3、EF-1α和β-tubulin基因部分序列的芒果畸形病菌鉴定与系统发育研究[J]. 植物病理学报,2016,46(5):710-715.

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[1]	张峻铭, 郁二蒙, 孙金辉. 水体生态因子对养殖鱼类品质影响研究进展[J]. 天津农学院学报, 2022, 29(2): 69-75.
[2]	谷德贤, 刘国山, 王晓宇, 王婷, 尤宏争, 钱红, 徐海龙. 基于GAM模型的天津海域鱼类资源和环境因子关系的初步研究[J]. 天津农学院学报, 2017, 24(1): 38-43.
[3]	王东源, 王玉舜, 谷禹, 金天明, 高丰. 猪圆环病毒2型吉林株的分离鉴定及全基因序列分析[J]. 天津农学院学报, 2016, 23(4): 43-46.
[4]	徐愫, 田云臣, 马国强, 李晓岚. 计算机视觉在水产养殖与生产领域的应用[J]. 天津农学院学报, 2014, 21(4): 43-46.
[5]	李超, 鲁翠云, 曹顶臣, 李崇文, 孙效文. 微卫星标记对德国镜鲤选育群体的遗传分析[J]. 天津农学院学报, 2012, 19(4): 5-8.